את מבצע בית וגן ליוו כמה תמונות המתמצתות היטב את משמעויותיו. תמונת כוחות צה"ל בשער המחנה כהנגדה לתמונת המחבלים הפלסטינים, המכריזים באותו מקום שלא יאפשרו לצה"ל להיכנס לתוכו, תערוכת אמצעי הלחימה שנתפסו במבצע, דף הנושאים לשיפור של חייל צה"ל דוד יהודה יצחק ז"ל שנהרג במבצע, סילוק ראשי הפת"ח ונציג הרשות הפלסטינית מהלוויות המחבלים ההרוגים, דברי הרהב של מנהיגי חמאס והג'יהאד האסלאמי לאחר המבצע, תמונת הנזק שנגרם לתשתיות במחנה והריאיון של נפתלי בנט לבי-בי-סי שבו התבקש להתייחס לכך שחיילי צה"ל שמחים להרוג נערים פלסטינים.

המבצע הוכיח את יכולתה של ישראל לטפל בקיני הטרור בשטחי הרשות הפלסטינית והמחיש עד כמה התרחבו והעמיקו קינים אלה הודות לתמיכה האיראנית וההסתה המתמשכת מצד גורמי הטרור ומצד הרשות הפלסטינית, הממשיכה לשלם משכורות מפתות למחבלים. רעיון העוועים שהובילה מערכת הביטחון וקנה לו שביתה גם בדרג המדיני ואצל האמריקנים, ולפיו הרשות תיקח על עצמה את האחריות לטפל בבעיה, התנפץ מזמן ועתה נאלצנו לטפל בהשלכותיו. גם אחרי המבצע אין לרשות רצון או יכולת למנוע התפתחות מחדש של מוקדי טרור במחנה, והיא עסוקה בהצהרות על התנערות מהתיאום הביטחוני (החיוני בעיקר עבורה) ובהתקפות מתלהמות על ישראל בניסיון נואש לשקם את מעמדה. אך למרות זאת נשמעים שוב הקולות הקוראים לחזק את הרשות, תוך התעלמות מהמציאות הבעייתית.

המסקנות המתבקשות הן שמכיוון שהטרור יימשך, צה"ל יידרש לעוד מבצעים כמו זה, שבו הוא הביא לידי ביטוי את מיטב יכולותיו, תוך שילוב בין יחידות מעולות להפעלת כוח אווירי מדויק. גם כך, ולמרות המאמץ להבטיח את ביטחון הכוח, עלולים מבצעים כאלה להיות כרוכים במחיר כואב ואין בהם כדי להבטיח את מיגור הטרור לאורך זמן, אלא אם כן הם יהיו חלק ממדיניות רחבה יותר שתכלול גם נוכחות מתוגברת של צה"ל בצירים והצבת מחסומים, פיקוח טוב יותר על כניסת פלסטינים לישראל כדי להקשות על ביצוע פיגועים בתחומי הקו הירוק, והמרצת האוכלוסייה הפלסטינית לרסן את פעילי הטרור.

מעבר לכך, כל עוד לא יחול שינוי בנרטיב המאבק הפלסטיני בטווח הארוך, וההנהגה הפלסטינית תוסיף להיות מחויבת אליו ולהטמיעו בציבור הפלסטיני, יהיה על ישראל להמשיך ולשמור בידיה את האחריות הביטחונית על כל יהודה ושומרון, גם אם יושג הסדר עם הפלסטינים, כדי לאפשר יציאה למבצעים כאלה מדי פעם בפעם, מעבר לפעולות סיכול נקודתיות במתכונת מבצע שובר גלים. את ההשלכות של ויתור על האחריות הביטחונית אפשר לראות ברצועת עזה, ואם לא נמשיך במבצעים דוגמת מבצע בית וגן, עלולה להתפתח ביו"ש מציאות דומה.

הדרך שבה גורמים משולחי רסן בתקשורת השמאל הבינלאומי, ובראשם מעצבי דעת קהל רבי השפעה כמו ה-BBC, ה-CNN והניו־יורק טיימס, מהדהדים את המסרים הפלסטיניים ומפיצים ארס נגד ישראל כדי לפגוע בלגיטימציה שלה להתגונן בפני הטרור המופנה כלפיה, מחייב גיבוש דרך פעולה אפקטיבית יותר בהקשר התקשורתי. מבצע בית וגן התנהל באופן מרשים ביותר בכל הנוגע לצמצום הפגיעה בבלתי מעורבים ולליווי ההדוק של דובר צה"ל, שנועד להסביר לקהל הצופים בעולם את הרקע לנזק שנגרם לתשתית הכבישים והחשמל במחנה.

כצפוי, חמאס והג'יהאד האסלאמי מציגים את עצמם באופן המנותק לחלוטין מהמציאות כמנצחים, משבחים את אנשיהם ומאשימים את הרשות הפלסטינית בשיתוף פעולה עם ישראל. בפועל הם נתונים לביקורת מצד חלק מתושבי המחנה והעיר, החוששים מכך שמבצעים מסוג זה ישובו בעתיד ושהפעילות הישראלית תפגע בפרנסתם. ההקפדה הישראלית לאפשר שגרת חיים לתושבי ג'נין במהלך המבצע פגעה ביכולת למנף אותו ליצירת לחץ אזרחי על גורמי הטרור. מכל מקום, נוכח ריבוי האתגרים והזירות, צה"ל נדרש לפעולות נוספות בכלל הגזרות כדי להמשיך ולבסס את ההרתעה.